Qu'ils aient transité par les réseaux d'assainissement ou qu'ils aient été jetés directement en Marne, les déchets flottants constituent une pollution devant être traitée. Cette pollution n'est que rarement chimique ou bactérienne, mais constitue la pollution la plus visible pour l'ensemble des usagers de la Marne. Son traitement contribue donc de manière forte à la perception des efforts de dépollution engagés sur le secteur.
Le SIAAP a déjà mis en place sur l'ensemble du linéaire des barrages à flottants (lien vers carte ou lien vers SIAAP) ce qui n’empêche pas le Syndicat Marne Vive d’œuvrer pour promouvoir un nettoyage plus ponctuel de flottants en Marne.
Le SIAAP, soutenu par le Syndicat Marne Vive, a mis en place une désinfection par Ultra Violet sur les effluents issus de la station Marne Amont à Noisy-le-Grand.
Il est prévu d'intégrer à l'observatoire un suivi renforcé de la qualité micro-biologique de la Marne, qui permettra d'apprécier l'impact des désinfections.