Le diagnostic des systèmes d’assainissement desservant les entités du Syndicat a permis de mettre en évidence l’effort principal à apporter pour atteindre la qualité « baignade » et qui est la réduction des rejets chargés bactériologiquement.
La contamination micro-biologique du milieu récepteur en temps sec est en grande partie due aux rejets des stations d'épurations.
Le mauvais fonctionnement des réseaux d'assainissement mettent également en péril la salubrité de la Marne, soit de façon permanente en temps sec, soit à l'occasion des pluies.
Le Syndicat se propose d'intervenir à trois niveaux de recommandations pour réduire les sources de pollution :
Les 3 niveaux d'intervention possible des membres du Syndicat Marne Vive dans le domaine de l'assainissement

Avant la collecte : en intervenant sur la pollution avant qu'elle ne soit captée par l'eau de pluie, et en limitant les débits pluviaux.
Pendant la collecte : en améliorant la conformité des réseaux et leur entretien.
Après la collecte : en poussant jusqu'à la désinfection le traitement des eaux usées et en récupérant les déchets flottants parvenus en Marne.
Cette démarche globale s'inscrit dans une logique amont - aval qui entre dans le cadre de la solidarité de bassin préconisé par les SAGE (Schéma d’Aménagement et des Gestion des Eaux). Appliquée en premier lieu à une échelle locale, elle devra se poursuivre à terme sur tout le bassin versant Marne Aval.
La gestion des eaux peut aussi se décliner selon la nature des eaux collectées.
Au regard des objectifs du Syndicat Marne Vive, ce point est le plus important de ceux sur lesquels les membres doivent s'engager.
Les actions les plus importantes à mettre en place sont :
Débordement de réseaux d'eau pluviales en Marne Vue de dessus d'un déversoir d'orage en Marne
Afin d’atteindre les objectifs statutaires du Syndicat Marne Vive, les actions suivantes doivent être développées :
De manière formelle, les documents d'urbanisme doivent inclure des règles strictes de limitation des eaux pluviales parvenant au réseau public :
Un système de retour des informations (travaux réalisés, projets, ...) vers le Syndicat a été mis en place par l'intermédiaire du suivi du contrat de bassin Marne Vive et l'outil SuPERE. Cela permet de faire le point régulièrement sur les efforts engagés par les membres du syndicat. Les efforts réalisés par les membres, dans chacun des thèmes du Syndicat, participent à renseigner l'observatoire Marne Vive et alimentent le suivi des projets et de leur effets sur l'environnement et la rivière.